Kawasan ini memiliki akar sejarah panjang dalam upaya pelestarian alam. Bagian Berbak awalnya ditetapkan sebagai suaka margasatwa pada era kolonial Belanda sekitar tahun 1935, kemudian secara resmi menjadi taman nasional pada tahun 1992 melalui keputusan pemerintah Indonesia. Sementara itu, bagian Sembilang diresmikan sebagai taman nasional sekitar tahun 1996-2003. Pada tahun 2016, kedua kawasan ini digabungkan pengelolaannya di bawah Balai Taman Nasional Berbak dan Sembilang untuk meningkatkan efektivitas konservasi. Pengakuan internasional datang ketika kawasan ini ditetapkan sebagai situs Ramsar untuk lahan basah penting secara global, dan pada tahun 2018, UNESCO mengakuinya sebagai cagar biosfer dunia. Hingga tahun 2025, taman nasional ini terus berkembang sebagai model pengelolaan alam yang harmonis dengan masyarakat lokal.